Try   HackMD

在 Ubuntu 22.04 以原始碼編譯 julia

tags: 學習筆記 ubuntu julia bioinformatics

Julia 於 2012 年面市,當初的開發者希望可以開發出一款在效率與易用性之間取得平衡的一款程式。Julia 允許並行(concurrent)、平行(parallel)與分散(distributed)計算,是一款非常強大、高效和靈活的程式語言,漸漸被人們使用於各種科學計算、生醫領域資料統計與數值分析等任務。

這邊紀錄安裝 julia 的步驟,希望未來能新增幾篇使用紀錄與心得。首先到 julia 官方網站確認目前最新穩定版本號,接著就可以安裝了。
以 1.8.5 版為例,可以從網站下載編譯好的軟體直接用,而我選擇下載原始碼自行編譯,過程如下:

# 首先安裝相依性軟體 sudo apt update sudo apt install build-essential libatomic1 python gfortran perl wget m4 cmake pkg-config curl # 接著切到 /tmp 資料夾準備編譯 ls -al / | grep rwt cd /tmp # 從 git 下載 julia 專案,並選擇 1.8.5 版進行編譯 git clone https://github.com/JuliaLang/julia.git cd julia/ git checkout v1.8.5 make -j 4| tee make.log make testall -j 4| tee test.log sudo make install # 若編譯過程沒有出錯,會出現編譯好的 julia-1.8.5 資料夾,將其複製到 /usr/local 底下並建立 symbolic link 到 /usr/bin sudo cp -r ./julia-1.8.5 /usr/local/julia-1.8.5 sudo ln -s /usr/local/julia-1.8.5/bin/julia /usr/bin

編譯並建立符號連結後,接著運行 julia,就會出現 julia 的圖示與指令區,此時運行 sessioninfo() 就可以看到工作階段資訊。

按下 right square bracket,也就是 ] 符號,會進入套件管理的畫面,輸入 status 可以看到已經安裝的套件列表;輸入 update 可以更新套件。要離開套件管理系統,只要按下鍵盤的 backspace 鍵即可。

接著來試試簡單的繪圖功能。這邊使用 UnicodePlots來進行測試,這個套件使用萬國碼來製圖,方便使用者在終端機中檢視繪圖結果。

using UnicodePlots lineplot([sin, cos], -pi/2, 2pi)

其他還有一些可愛的繪圖功能可以試試,請參考 UnicodePlots 的展示網頁

如果安裝過程與後續這些簡單的小測試都沒有跳出什麼問題,就是順利安裝完成了,之後就可以探索 julia 世界。除了官方的使用手冊之外,以下是幾個入門 Julia 的教學資源:

  1. 生物資訊基礎教學系列:Julia程式語言基礎
  2. Julia 超新手教學

🐕‍🦺2023.03.24