# Réunion "Anticipation" CarboSeq WP9-T3 RECORD

## ODJ provisoire

* Attentes et implications dans les niveaux et les tiers
* Tiers 2 versus Tiers 3 ?
* Level 1 Niveau Monde Grossier
* Devra être jouable avec la ToolBox
* Déjà joué?
* Attentes concernant le déploiement des outils
* accessibilité aux BD comprises dans le déploiement
* Interface fichiers ("sig", csv, rdata)
* Post-Traitements?
* Faciliter le déploiement d'instances Galaxy pour les partenaires?
* Priorité niveau Français?
* Stratégie level 0
* déployer un cas d'utilisation SoilR/RothC
* Mais pas très réaliste et sans doute sans intérrêt
* & probablement pas difficile à faire
* déployer (script R6Class/RMQS)autre chose avec quand même un peu de présomption sepropra
* de réutilisation de BD ou d'accessibilité BD
* | de réutilisation autre outils
* | de template de WF (ex 3 types de BD + DOE + Simus)

* Interfaces graphiques pour paramètrer et visualiser les WF?

## Les échanges par mail

> > > > Au centre, le modèle RothC du package soilR (https://cran.r-project.org/web/packages/SoilR/index.html)
> > > > (https://github.com/cran/SoilR)
> > >
> > > NB : le lien github ne semble être qu'un miroir du package déposé sur le
> > > CRAN
> > > > Savons nous déjà si c'est exactement ce paquet qui va être mobilisé, ou une autre version?
> > > > Au moins pour certains cas?
> > >
> > > C'est une information que je n'ai pas dans la mesure où je ne connais
> > > pas la feuille de route de travail sur ce package. Il est prévu que le
> > > package évolue lui même au cours du projet, en fonction des
> > > développements des WP plus axés processus que le notre, qui
> > > contribueront à améliorer RothC et éventuellement à intégrer d'autres
> > > modèles au package. Carlos A. Sierra qui est l'un des concepteurs du
> > > package participe au projet CarboSeq. Nous pourrons donc interagir avec
> > > lui pour avoir plus d'informations à ce sujet. Mais je pense qu'il est
> > > peu probable que les interfaces vers RothC et utilisées dans le package
> > > changent de façon notable.
> > > > Nous savons bien que soilR sera mobilisé au travers d'une toolBox à développer.
> > > > Néanmoins existe-il un cas d'utilisation, voir plusieurs, ayant déjà été réalisé,
> > > > nous permettant de nous instruire?
> > >
> > > Pas sûr qu'il existe des cas d'utilisation de référence en dehors de
> > > ceux fournis dans la doc du package SoilR. Par contre, c'est quelque
> > > chose que nous pouvons construire ensemble. J'ai construit des
> > > librairies R basées sur le package R6Class qui permettent de gérer des
> > > simulations avec différents modèles. Je pourrais vous proposer un cas
> > > test simple mettant en oeuvre soilR (pour l'instant j'utilise une
> > > implémentation faite maison de RothC
> > > -https://forgemia.inra.fr/manuel.martin/rothc ). Il faudrait que l'on
> > > prenne le temps d'en discuter.
> > > > En matière de cas d'utilisation, nous pointer documents ou articles pertinents (ceux des slides?) serait déjà un plus.
> > >
> > > Le domaine des cas d'utilisation de RothC est tellement vaste que je
> > > n'ai pas en tête un article présentant un cas d'utilisation qui pourrait
> > > vous être utile.
> > > > L'idéal étant, même si relativement éloigné soit par le dimensionnement, soit par l'application de ce qui est visé,
> > > > de bénéficier d'un plan d'expérience, ou workflow comprenant à la fois un jeu de données et un plan d'expérience.
> > > > Si par exemples des scripts R ou autres, +|- opérationnels existent, pouvoir en bénéficier serait informatif.
> > > >
> > > > Un autre sujet qui nous intéresse particulièrement, est celui des interfaces, et de la modularisation des différents
> > > > composants de la toolBox. Autrement dit, existe-t-il un template de workflow un peu classique,
> > > > permettant de schématiser les liens entre les interactions avec les bases de données, le lancement des simulations,
> > > > voir les post-traitements?
> > >
> > > La encore, tout ce dont je peux vous faire bénéficier pour l'instant,
> > > c'est un workflow que j'ai utilisé pour des simulations sur les sites
> > > RMQS (Réseau de mesure de la qualité des sols), qui se réduit à un
> > > script R faisant appel aux librairies R6Class dont je parlais plus haut
> > > (récupération des données & application du protocole de simulation).
> > > Est-ce que cela pourrait vous intéresser? L'outil est adapté à des
> > > simulations de quelques (dizaines de) milliers d'unité de simulation. Il
> > > faudrait effectivement dans le cas de simulations en + grand nombre
> > > prévoir des outils de post-processing à la volée pour n'extraire que les
> > > infos pertinentes des simulations.
> > >
> > > > Typiquement, si on se réfère au vocabulaire propre au framework Galaxy, ce qui est mis à disposition des utilisateurs,
> > > > ce sont des tools. On pourrait donc imaginer respecter l'architecture de la toolbox, et déployer autant de tools que
> > > > ceux proposés par la toolbox. Les tools pourraient être mobilisés indépendamment, ou séquentiellement et parallèlement,
> > > > afin de construire des workflows nécessaires à la réalisation des analyses CarboSeq. Cette approche n'excluant pas l'utilisation
> > > > de la toolbox indépendamment de Galaxy.
> > >
> > > Oui c'est un peu ce que j'avais en tête pour la toolbox et c'est aussi
> > > la philosophie des outils que j'ai déjà développés.
> > > > & finalement, au delà d'un système pour lancer les plans d'expériences, et récupérer les résultats,
> > > > y-aura-t-il des attentes en matière d'interface graphiques utilisateurs, pour configurer les plans de simulations,
> > > > ou visualiser des résultats soient-ils intermédiaires? (formulaire & ligne de commandes, versus Shiny)
> > >
> > > Ca n'est pas prévu dans le projet. Il faut que les partenaires puissent
> > > lancer leurs simulations avec un plan d’expérience pré-défini. Les GUI
> > > concernant les résultats sont prévues dans la tâche 7.
> > > > Par ailleurs, est ce que vous avez déjà en tête un mode d'organisation du développement de la toolBox?
> > > > Un site GitHub ou Gitlab que nous pourrions suivre, au jour le jour, afin que nous puissions tester notre
> > > > capacité à déployer, voir automatiser les déploiement des développements?
> > >
> > > Nous utilisons la forge MIA à Infosol et cela me semble être le type
> > > d'outil idéal pour ces développements. Reste à s'assurer des modalités
> > > d'accès des différentes parties prenantes.