# FHIR observation JSON (NCBI)

NCBI

NCBI擁有一系列與生物技術和生物醫學相關的資料庫，是生物資訊學工具和服務的重要資源。

主要資料庫包括DNA序列的GenBank和生物醫學文獻的書目資料庫PubMed。其他資料庫包括NCBI表觀基因組學資料庫。

所有這些資料庫都可以通過Entrez搜尋引擎在線獲得。

NCBI Virus

NCBI Virus (nih.gov) 取檔CSV轉成使用格式


用python將CSV轉成FHIR Observation JSON

寫一個python轉檔程式，將以下CSV檔
Gene, Mutation_Type, Mutation_Position, Pathogenicity
EGFR, Missense, p.L747_T751delinsS, Pathogenic
轉成以下 FHIR Observation JSON 格式描述:

import csv
import json

def convert_to_observation_json(gene, mutation_type, mutation_position, pathogenicity):
observation_json = {
"resourceType": "Observation",
"status": "final",
"category": [
{
"coding": [
{
"system": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/virus/vssi/#/virus?SeqType_s=Genome&utm_source=data-hub&VirusLineage_ss=Bacteriophage,%20all%20taxids",
"code": "laboratory",
"display": "Laboratory"
}
],
"text": "Laboratory"
}
],
"code": {
"coding": [
{
"system": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/virus/vssi/#/virus?SeqType_s=Genome&utm_source=data-hub&VirusLineage_ss=Bacteriophage,%20all%20taxids",
"code": "48018-6",
"display": "Genetic variant assessment"
}
],
"text": "Genetic variant assessment"
},
"subject": {
"reference": "Patient/example"
},
"valueCodeableConcept": {
"coding": [
{
"system": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/virus/vssi/#/virus?SeqType_s=Genome&utm_source=data-hub&VirusLineage_ss=Bacteriophage,%20all%20taxids",
"code": gene,
"display": gene
}
],
"text": gene
},
"component": [
{
"code": {
"coding": [
{
"system": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/virus/vssi/#/virus?SeqType_s=Genome&utm_source=data-hub&VirusLineage_ss=Bacteriophage,%20all%20taxids",
"code": "id",
"display": "HGVS identifier"
}
],
"text": "HGVS identifier"
},
"valueString": mutation_position
},
{
"code": {
"coding": [
{
"system": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/virus/vssi/#/virus?SeqType_s=Genome&utm_source=data-hub&VirusLineage_ss=Bacteriophage,%20all%20taxids",
"code": "interpretation",
"display": "Observation interpretation"
}
],
"text": "Observation interpretation"
},
"valueCodeableConcept": {
"coding": [
{
"system": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/virus/vssi/#/virus?SeqType_s=Genome&utm_source=data-hub&VirusLineage_ss=Bacteriophage,%20all%20taxids",
"code": "P",
"display": "Pathogenic"
}
],
"text": pathogenicity
}
}
]
}

return observation_json

def csv_to_json(csv_file):
with open(csv_file, newline='') as csvfile:
reader = csv.DictReader(csvfile)
for row in reader:
gene = row["Gene"]
mutation_type = row["Mutation_Type"]
mutation_position = row["Mutation_Position"]
pathogenicity = row["Pathogenicity"]

observation_json = convert_to_observation_json(gene, mutation_type, mutation_position, pathogenicity)
print(json.dumps(observation_json, indent=2))

if __name__ == "__main__":
csv_to_json("input.csv")

在NCBI Virus的資料庫連結 改成從資料庫取出的C檔 執行才不會出問題。

BLAST

BLAST是一種強大的工具，用於查找與同一生物體或不同生物體中的查詢序列相似的序列。它在NCBI資料庫和伺服器上搜索查詢序列，並以所選格式將結果發佈回人員的瀏覽器。

BLAST的輸入序列大多是FASTA或GenBank格式，而輸出可以以各種格式提供，如HTML，XML格式和純文本。
HTML是NCBI網頁的預設輸出格式。

NCBI-BLAST的結果以圖形格式顯示，其中包含找到的所有命中，一個表格，其中包含具有評分相關數據的命中的序列標識符，以及感興趣序列的對齊和收到的命中與這些命中類似的BLAST分數。

BLAST: Basic Local Alignment Search Tool (nih.gov)