# [Autodock4] 步驟文件 (2025/09/12更新) ###### tags: `docking` `autodock` `linux` `ubuntu` ## :question: 目的 :::success ubuntu中使用autodock4進行分子的對接 ::: ## :computer: 先前準備 :::success 需要先安裝好protein和ligand的pdb檔 ::: 1. 到protein data bank下載用來docking的蛋白質結構(pdb file) 2. 請確認自己要docking的結構是多聚體還是單體 3. 在chemdraw畫好結構並貼到discovery studio studio儲存成pdb檔案 4. 將檔案傳到linux系統進行後續的docking ## :computer: 環境設定 :::success 首先會先建立好docking的環境，可以方便後續的使用 ::: 1. 這邊總共要安裝三個檔案autodock4、autogrid4、mgltools 2. 到mgltools下載linux檔案 https://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/ 3. 將mgltools解壓縮 ```bash= tar zxvf mgltools_x86_64Linux2_1.5.7.tar.gz ``` 4. 調整環境變數可能導致許多問題，調整前請先看vim和.bashrc如何使用 5. 進入資料夾，其實所有的教學在readme裡面都有，接著的步驟是使用sh進行安裝。 ```bash= ./install.sh ``` 6. 安裝完後進入.bashrc，將mgltools底下的程式加入到.bashrc的環境變數中 ```bash= vim ~/.bashrc ``` 7. 將這段打在或複製到.bashrc裡面,user記得要改成自己的user name ```bash= #mgltools source /home/user/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7/initMGLtools.sh export PATH=/home/user/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7/bin:${PATH} export LD_LIBRARY_PATH=/home/user/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7/lib:${LD_LIBRARY_PATH} export PATH=/home/user/mgltools_x86_64Linux2_1.5.7/MGLToolsPckgs/AutoDockTools/Utilities24:${PATH} ``` 8. 啟動新的環境變數 ```bash= source ~/.bashrc ``` 9. 接著安裝autogrid4和autodock4 ```bash= sudo apt install autogrid sudo apt install autodock ``` ## :computer: 利用autodock4進行docking :::success 利用autodock4將小分子對接到蛋白質 ::: 1. 首先先將蛋白質和小分子pdb檔案轉換成pdbqt 2. 這邊會以蛋白質PGIS和小分子PGH為範例 ```bash= prepare_ligand4.py -l PGH.pdb prepare_receptor4.py -r PGIS.pdb ``` 3. 請記得檢查pdbqt的結構是否和你想得一樣，特別是共扼結構，有時候雙鍵會和你給的不一樣，這個時候可能會導致後續計算的時候平面性遭到破壞。 4. 準備要docking範圍的檔案gpf 5. npt代表grid數量，每個grid大小為0.375，中心則是定在x=0 y=0 z=0的位置 6. 這邊我是因為我沒有預設docking在蛋白質哪個地方，如果從實驗上的取代實驗或螢光探針實驗已經知道配體的位置會在哪裡，那可以直接將中心放在那個區域，並且以較小的grid數進行docking，能夠更有效率 ```bash= prepare_gpf4.py -l PGH.pdbqt -r PGIS.pdbqt -p npts="200,200,200" -p gridcenter="0,0,0" ``` 5. 準備docking時候的參數檔案dpf 6. ga_run代表docking次數 ```bash= prepare_dpf4.py -l PGH.pdbqt -r PGIS.pdbqt -p ga_run=100 ``` 6. 上述檔案都完成之後，使用autogrid4產生autodock4使用的檔案dpf 7. autodock4進行docking ```bash= autogrid4 -p PGIS.gpf -l PGIS.glg autodock4 -p PGH_PGIS.dpf -l PGH_PGIS.dlg ``` 8. 檔案出來之後沒辦法直接讀取，要用linux的切割功能將pdbqt分割 ```bash= grep '^DOCKED' PGH_PGIS.dlg | cut -c9- > PGH_PGIS.pdbqt ``` 9. 我和我朋友有自己寫了一個程式在github上面，如果有興趣可以到github上下載這個軟體，這個軟體我們取名為Mergeondock，可以方便windows用戶直接使用autodock 4和autodock vina的功能．https://github.com/Xhamrock/MergeonDock ### 參考資料 1. autodock vina https://vina.scripps.edu/ 2. autodock 4 https://autodock.scripps.edu/ 3. mgltools https://ccsb.scripps.edu/mgltools/ --- ### 版權聲明 本文採用創用 CC 姓名標示-非商業性-相同方式分享 3.0 台灣 (CC BY-NC-SA 3.0 TW) 授權條款授權。轉載請標明作者、連結與出處。 若有疑慮或勘誤麻煩與作者聯繫，如果有問題也可以寄信到我的信箱，我會盡量回覆。 作者 : Shang-Wei Lin （林尚緯） 現職 : 台灣大學化學工程學系博士後研究員 學歷 : 輔仁大學化學系博士 信箱 : qwert75811@gmail.com, swlin0725@ntu.edu.tw 網站 : https://sites.google.com/view/shang-wei-lin/home