# Bioinformática aplicada 2- análise de transcriptoma

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Wps: programa de escritório livre
Bioinformática aplicada 2 – Análise de transcriptoma: Introdução a computação

## Inicio dos slides

**Bioinformática: envolve biologia molecular, e esta relacionado a computação. Pra lidar com todas as quantidades de sequencia produzida, a copmutação se tornou essencial, e tbm conhecimento de estatística.**
Qdo o AA é similiar a penalidade é menor, se é mt diferente vc tem penalidade maior, isso é a amtriz de substituição para comparação de AA

* Alinhamento global: alinha todos os resíduos independe do tamanho da sequencia em comparação , todos os resíduos da primeira sequencia alinha com o da segunda, n importa qe vc coloque alguns espaçadores entre a sequencia pra ficarem do msm tamanho q são os gap

* Alilhamento local: você n precisa de gap, nem todos os resíduos precisam ser alinhados . Esses resíduos podem ser AA , ou nucleotídeos, dependendo da sequencia.

> Bioinfomatica tem a ver como uso de informática pra se estudar em biologia.

B*ig data era: volume (qtde), varidade (diversos tipos e fontes) velocidade (produção de conteúdo , necessidade de serem tratados, variabilidade ( incosistencia na produção) e veracidade (incerteza da veracidade) e por mim complexidade.*

Para o trabalho ser publicado é necessário a submissão dos dados gerados, o genebank n suportou mais receber os dados recebidos em larga escala. oS dados que surgem na época do data base são não estruturados, por ex textos,

* Transistores: dispositivo semicondultor usado para amplificar ou controlar sinais elétricos
Computador tem a parte física hardware componentes mecânicos e eletro eletronicos, e sua parte logica software, sequencia de instruções que fazem o computador realizar determinada tarefa (algoritimo).
Modelo básico de computador é uma entrada, processamento, e a saída

* Sinal digital:
Sistema binário: são aqueles expressos apenas pelo algoritimo 0 e 1, qualquer numero do sistema.
Um npumero binário tem os bits, que são as posiçoes dele

* Componentes de hardware: Unidade de entrada de dados ( mouse, teclado, câmera de vídeo)
Unidade de saída de dados : monitor impressora)
Unidade de armazenamento de dados (memoria RAM)
Unidade de processamento de dados (CPU)

* Memoria L1: muito mais rápida, porém menor, l2: memoria com espaço um pouco maior , qt maior o tamanho mais lenta, qt menor de tamanho mais rápida.
Processador multinucleo: múltiplos núcleos ou multicore. Dois ou mais núcleo de processamento

**Hyper Threading: como um exemplo atual, poderíamos utilizar os processadores core i7 da intel que apesar de possuírem quatro núcleos físicos, simulam o funcionamento de oito.**

Velocidade de processamento: clock é um circuito oscilador que tem a função de sincronizar e ditar a medida de velocidade de transferência de dados entre duas partes essenciais de um processamento por exemplo, entre o processador e a memoria principal. Essa frequência é medida em ciclos por segundo ou Hertz. (1Hz= 1 ciclo/segundo).

Arquitetura (endereçamento de memoria) numero de linhas do barramento de endereços de um processador é o que define a sua capacidade de endereçamento. Um processador capaz de endereçar 64bits de espaço virtual de memoria podendo armazenar dados em um formato de 64bits e realizar operações aritméticascom operandos de 64bits

**Piramide: quanto mais no topo mais cara.
Alguns componentes de software:
BIOS basic input/ output system ou sistema básico de entrada saída, sistema pre gravadoem memoria permanente . (firmware)**

OS ( operational system ) sistema gravado em memoria secudaria opcional de cada usuário. Coleção de programas que gerenciam e alocam recursos de harware e software

Benchmark: é o ato de executar um program de computador um conjunto de programas ou outras operações , a fim de avaliar a performace relativa de umm objeto , normalmente executando uma serie de testes padrões e ensaios nele.

Sistema operacional: é um conjunto de programas que permitem que fazem a interface do usuário e seus programas com o hardware.
Mais núcleos: permitem que se abrem mais programas e rodem mais dados ao msm tempo. Hertz a velocidade de processamento.

Hd existe o ssd que são dispositivos
Sistema operacional: conjunto de programas que permitem que fazem a interface do usuário e seus programas com o hardware
Algoritimo: sequecia logica, finita e definidade instruções que devem ser seguidas para resolver um programa ou executar uma tarefa.

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PARTE DA TARDE DIA 1

* Pratical extraction and report language: embora dois centros usassem as msm técnicas de laboratório , os mesmos bancos de dados, e praticamente as mesmas ferramentas de analise, havia sempre a dificuldade de intercambiar dados e interpretar resultado.

* Protocolo de internet: IP, protocolo de ocmunicação utilizado entr todas as maquinas em rede para encaminhamento dos dados. Tem um protocolo que permite a transmissão de dados, que é o protocolo de controle de transmissão TCP.

* O TCP esta localizado em uma das camadas existentes no protocolo da internet, email SMTP,
SSH protocolo pra acesso de servidor, tem a porção servidor e a porção cliente. Tipo de serviço que roda por padrão em uma porta 22.
Hppt: porta 80

**Meu usuário: gfrezarim
Senha: fc@v...**

> Sistema operacional: é um programa ou u conjunto de programas cuja função é gerenciamento de sistema de arquivo, fornece interface do sistema entre computador e usuário.
> Kernel: intercambio de comunicação entre software e hardware. Monolitico, com prolema todo sistema trava. Microkernel ) mesmo que de problema parte do pc continua funcionando. E hibidro mac e Windows.
> Gnu/ Linux. Gnu não é inux. Além do significado original do mamífero gnu , é um acrônimo recursivo de gnu. Sistema operacional com kernel ainda em desenvolvimento .

* Atualmente o que se chama de Linux é o kernel mais ... perdi
BSD: sistema operacional UNIX , que tem FreeBSD, open BSD.
* O Mac oS parte do projeto Darwin.
Destribuição Linux: redhat, ubuntu. Gentool Linux , debian, suse,
* Motivação para utilizar o Linux: é livre, gratuito, menos vuneravel a vírus, recebe apoio de grande empresas como IBM, HP, Sun,
Multitarefa e multiusuário
Compatível varias plataformas applet sparc alpha
* Proteçao entre processsoos executados na RAM
Modularização somente é carrega para memoria o que usado durante processamento
* Não há necessidade de reiniciar o sistemas após cada modificação
Muitos programas de bioinformática foram construídos para rodar nessa plataforma .

* Java – vantagem é que tem portabilidade, um código desenvolvido em Linux, pode ser compilado em algo que chama balt code??? E isso necessita de uma maquina virtual para ser lido. Etnao esse msm balt code pode ser executado em Linux , mac , celular, independe do sistema operacional e depende da maquina virtual.

* Shell: a camada externa entre usuário e o kernell núcleo de um sistema operacional.

* **Prompt **: a partir de onde são submetidos as instruções indicador ( configurável) . Consigo me tonar admistraodr com o comando sudo su. Para se tornar superusuario coloca sudo su - no prompt comando, assim se torna superusuario.
Eu n tenho a senha para ser superusuario, porem , meu usuário pode se tornar um super usuário. Para tornal usuário comum é so colocar exit

* Atalhos para o shell.
* Control + C = interrupção de comando
* Control + H = apaga caracter
* Control + J = enter
* Control + U = apaga a linha
* Control + Z = para liberar acesso ao terminal novamente mas sem interromper o processo q esta rodando. Para voltar é só colocar bg, de back ground.

* Sistema de arquivos: um arquivo é uma unidade de armazenamento .

* Diretório é um tipo de arquivo ( armazena informações sobre outros arquivos)
Arquivo regular ( regular file)
Link simbólico atalho
Árvore de diretório: existem caminhos absolutos e relativos para se chegar a esse diretório , aqui a separação de diretório é feito pela barra invertida.

* Diretorio home ~ / diretório onde o aluno esta
Caminhos absoluto : caminho q começa com a raiz, /home /aluno1/ é um caminho absoluto
Caminho relativo: depende da onde o aluno está naquele momento, por ex se esta dentro do aluno1 , é mais fácil usar o relativo p n precisar especificar desde o começo: exemplo da entrega do correio, mais fácil informar que a casa é do lado do que falar brasil estado de sp, jaboticabal, bairro, nome da rua, numero.
DIreotório raiz (root) - /

Potno barra significa o caminho atual , o diretório anterior ../ .

**LOGIN PARA ACESSO: hammer.fcav.unesp.br
SENHA: fc@v...**

**hammer.fcav.unesp.br**

pwd pra mostrar o diretório de trabalho
ls mostrar o que tem na pasta
**cd ../../** ´pra descer dois direotrios

**usr/ local/ **bioinfo ls para lsitar conteúdo

sempre q eu colcoo o caminho eu coloco pwd pra ver se o caminho esta correto,
Para ir pro home maneira mais fácil é cd tio cd ~
* **Para o raiz cd / **
* **Para a pasta bioinfo , cd / usr/ local/ bioinfo ** LMEBRAR SEMPRE DE USAR O TAB !! PARA COMPLETAR
Listar um arquivo criado em um diretório temporário
Para limpar o arquivo da clear
**Eu posso dar dois cliques com o mouse e dps clicar com o botão direito, que o caminho é copiado.**
* Ls: lsita arquivo do diretório ****
* Clear: limpa tela****
* **Cd .. volta um diretório **
* Mkdir: comando para criar diretório ****

**cd /tmp/AULA** dps da barra do cd não pode ter mais espaço!!!

PATH! VARIAVÉL DE AMBIENTE;
## Lista de diretórios que contem arquivos de programas (executáveis) que podem ser executados a partir de qualquer diretório sem a necessidade de indicar o caminho completo.
Por exemplo eu n preciso fazer o caminho completo q esta o blast n, é spo eu colocar which blastn
Executar um comando: caminho completo %/ usb/ bin/ pwd
Caminho
Echo comando pra ecoar o valor de uma variável

**Path** - Contem os caminhos que podem indicar os caminhos pra chamar o programa a partir de qlqr diretório

Para sair coloca control X.
**Ls – a** -> mostra os arquivos ocultos, aqueles q começam com ponto.
**Ls- l ** -> lista detalhe dos arquivos