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title: 2022/11/29 進捗報告

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# 2022/11/29 進捗報告

## 研究概要
* [研究①](https://hackmd.io/XVKNoDqUR1q7u4tR4jcGKg)を参照すること。

## 過去の進捗報告
* [第1回進捗報告(2022/4/21)](https://drive.google.com/file/d/1SiSPZDtQBaMe5kN2wp1nBQwWRELAXlOx/view)
* [第2回進捗報告(2022/5/10)](https://hackmd.io/Ekh91XAWQ9etnda4NvwuPg)
* [第3回進捗報告(2022/5/26)](https://hackmd.io/hjFDDlCZTxOD1IvmsHubVw)
* [第4回進捗報告(2022/6/7)](https://hackmd.io/R6j16PqcS_OuBFDGBmP_dQ)
* [第5回進捗報告(2022/6/21)](https://hackmd.io/9nYV1QgUTO2EV6Y8PGfQBQ)
* [第6回進捗報告(2022/7/5)](https://hackmd.io/QpKwmhhCQDqe1dk41CV_WA)
* [第7回進捗報告(2022/7/19)](https://hackmd.io/qlntToDITMKLbXSiPqFDCg)
* [第8回進捗報告(2022/10/14)](https://hackmd.io/WLDYfyviQ225stpXX6OM6w)
* [第9回進捗報告(2022/10/28)](https://hackmd.io/lwE-dmNmQrWFE1QVEMmXsg)
* [第10回進捗報告(2022/11/18)](https://hackmd.io/x35Bo4JpSQ-7jrh6eZ_Ryw)

## 今回の進捗
* 解析自体の進捗はなし
* 卒論執筆、スライド作成が中心

## 卒論・スライド作成においての懸念点、疑問点など
* 研究の目的に関して
    * 前提:先行研究において使われた「ゲノムのみからホストを推定する手法」の精度はそこまで良くなかった(特にゲノムのみを用いた場合)
    * 目的:先行研究の問題点を改善するために、より詳細な特徴の含まれたベクトルを特徴量として得る。
    * しかし、今回はスパイクタンパクしか使っていないのに、この目的は正しいのか？
    * →「ゲノム全体を使う手法の精度を上げる」研究の前段階として、スパイクタンパク質を使った研究を行う、という方向性で考えたらどうだろうか。

* ProtBERTがどのようにして埋め込み表現を得ているのかについて
    * ProtBERTは自動的に配列全長の埋め込み表現を取得してくれる仕様、という解釈で良いのか(公式ドキュメントをあたってもここら辺に関して記述している箇所は見つけられないが、特に配列長が長過ぎて解析できなかった、というようなことはなかったはず)
        * 配列数を増やすとdead kernelとなってしまったのはおそらく別問題
    * このような図は作ってある(きちんと自分でも解釈理解はしている)が、これだと説明不足か
    ![](https://i.imgur.com/2NHe7PX.png)

## 次回までの進捗
* 卒論・スライドの修正
* 1月のJCで扱う論文を決める
* 解析を進める
    * 最低限の目標は、2月の最終提出までにfine-tuningを終わらせること