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# System prepended metadata

title: Journée commune FBIAS FBI.data

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# Journée commune FBIAS FBI.data
Objectif de la journée: travailler de concert vers les solutions de calculs 2025
video Présentation du matin à déposer sur Youtube FBI? (à checker avec Caroline)
## Matinee 
Présentation de qq outils calcul
### BioImageIT Arthur Masson
Nouvelle fonctionnalité de Workflow graphique basée sur PyFlow

Commenty rendrer une nouvell lib? Juste un environnement Conda.
Assez similaire à Galaxy.

Pour aller vers le Mesocentre, Docker sera plutôt à mettre en place.
Quelle est l'audience ? Analystes ou biologistes?

Importance de la facilité de l'installation pour cela.

Correction manuelle? peut etre possible via Napari

Commernt on va lancer batch? Assez auto normalement.
cluster pour le momenty avec ssh et oarsub par exemple en cli

Solution cluster:
- Si Rest API dans le meso: lancer depuis la destop app , avec un min de développement.
- Remote sessions type VM X2Go par exemple. Inconvéneint, utilisation cluster non optimisée, pas super scalable.
- Application WEB Cytomine/BiaFlows , wf dans un seul gros docker.


Pour la gestion de wf, plusieurs solutions, en cours de mutualisation ARkitect plutrôt que solution commerciale.
Communication avec les meso hyper importante.

Solution possible utilioser une VM pour le lien avec le serveur.
Resp API standard ou pas?
Nextflow communication déjà établie avec plusieurs API rest type amazon etc... POssède un marketplace NFCore.

Problématique du transfert wf entre machine? Normalement y a pas si conda ok?
Demander à Pasteur aussi Solutions Cluster.
Large data aussi à prendre en compte cf:
-
Galaxy EMBL hackaton
https://forum.image.sc/t/outcomes-of-the-next-generation-bioimage-analysis-workflows-hackathon/88733
(Marvin y était)


### OpenMole
Solution de distrubuition d'algo sur calcul, fait au départ pour la simulation.

### Aim4DL
(demandert à récuperer les slides)
basé Singularité pluttpit que docker, en ssh initialement.
Projety créer une surcouche pour les utilisateurts autres que Bioinfos
WebApp from scratch car pas outil mature.

aim4dl.curie.fr 

parler aussi de https://biapy.readthedocs.io/en/latest/ 

config pour le moment pipeline deployé par lers analystes.
Inférenve

biaflows paramétrer
nom de fichier. 

## Discussion IPDM (Jean-Yves)

- Slides à récupérer -> elles sont là 
- Intégrer dans IPDM des gens pas FBI -> En particulier pour F-BIAS: : En France il y a 5 core-facilities dédiées à l'analyse d'images. Il serait dommageable pour FBI et ces plateformes qu'elles ne soient pas intégrées à F-BIAS. Il faut que IPDM trouve un moyen de les intégrer au projet sans passer par une intégration dans FBI.
- Question des chargés de mission F-BIAS. Ils n'ont pas de mission officielle. Ca ne nous a pas empêché de travailler. Ça ne résoudra pas l'impécuniosité des chargés de mission. Nous ne travaillons pas pour une gloire illusoire dont l'atteinte n'émouvra pas nos coeurs lassés par l'astreinte. Mais ca permettra de justifier du temps passé auprès de nos managers, et de donner une visibilité à la mission.
- Lettre de mission FBI.data.

## Cahier des charges calcul FBIAS
- utilisateurs à définir (end-users, ?)

- basé sur les besoins 

- utilisateurs sont les analystes d'image?



Routine vs workflows?
Interface = les plateformes de microscopie qui formeront aussi les biologistyes. Les analystes dans les plateformes 
Pourquoi ont veut utiliser les mesocentres?
Station local VS utilisation mesocentre?

National ne pas installer localement dans les institutions 
réentrainement modele

- job qui tourne sur une machine de calcul
- un algorithme, des requirements, des inputs, des outputs.
- FBI data standardisent inputs/outputs 
- Requirements du jobs on verra apres ligne de commande/interface etc??
- un algorithme? L'algo ? cellpose?

1) Question du partage? git? market place

En place solution en docker? Té&lécharger des containers?
Dans biaflows Git Hub source DockerHub
Solution tytpe NFCore (guidelines) Hub docker Singularity et doc?
Gitlab peut faire un registry docker, container gitlab Outils type cookie cutter templating python?
Gitlab ok pour singularité.

[BioContainers](https://biocontainers-edu.readthedocs.io/en/latest/what_is_biocontainers.html)

[BIOPDestop VM DEsktop](https://github.com/BIOP/BIOP-desktop) containrisation Application Intéractive

Jupyter notebook Attention au training et à la multitude d'outils référents 

Stockage et à  calcul local

biop desktop : vOS with preinstalled software  https://github.com/BIOP/BIOP-desktop

Blibliothèque redondant mais pas trop et 50 cell pose avec que le préprocessing? 
= quelle granularité? tout petit ? = templater qu'on peut changer?

Attention deux niveaux docker et singularité loin des analystes? 
Spécifications? Quels algo?
Démocratisation deep learning?

Stockage uniformisation pas tyrop un probleme . Un docker par archi mais pas par modèle. Uniformiser les scripts dans le docker. Est-ce que BioImage Zoo le fait? (satandarisation données et modèles et scripts??)

Documenter deux parties Comment containriser?  puyis comment faire wf et standardiser WF? 
La plus value de FBI: la surcouche de simplification.

Réponse projet en local. Script/plugin Fiji aujourd'hui

Différents niveaux d'entrée 

Experience de la formation deep learning faite avec IFB  jupyter notebook et conda, marchait très bien 

Différencier besoin grosse puissance vs pas besoin
Construire Un Docker et probleme de GPUS 
Macro fiji ou notebook: mais problématique aussi de répondre à des besoins croissants avec un effectif non croissant.-> rendre autonome les utilsiateurs sur certains outils.
Besoin aussi de retour et d'intéraction humaine (wait for user par exemple)
Semi automatique 
Recomposition des wf avec test local, lancement en batch, puis phase vérification. 
Interet de la VM cas d'usage de ne pas déplacer les données, et les préinstallatin type napari. (cf remote desktop VM = BIOP/BAND, et des installations optimisées )

VS GUIX et lein vers les mesocentre 
Solution Jupyter hub type Google Collab  + 
VMs.
Si les données sont dans le méso? Pas de transport de données


Accord de license avec l'institut seulement, pas ouvert aux autres.
Imaris VM 
Huygens 
Jean-Yves se porte volontaire sur ce chantier de négociation de logiciel commerciaux (aspects juridique/aspects techniques/aspects financiers).
À Pasteur ils ont deux cas (Imaris et Huygens) qui sont déployés sur des VMs, de manière à être utilisés par des utilisateurs FBI. Mais est-ce que c'est légal ? Est-ce que ca va marcher avec le MFA mis en place par Pasteur ?

À F-BIAS on a un focus principalement sur l'analyse d'images et nos compétences sur toutes les techniques container etc. échappent à beaucoup d'entre nous. Il serait peut-être plus efficace de laisser FBI.Data mettre au point les spécifications, en incluant des membres de F-BIAS qui connaissent le sujet.
QQ reférents avec connaissance Docker/singularity qui pourraient contribuer pour F-BIAS aux projet mené par FBI.Data: Aurélien, Marvin, Volker. 
+ Arthur . 
GT transverfse calaciim 


4 types d'usage:
mode dockers (type curie) et passage phase local vs Docker.
Mode notebook pres des datas
Mode Vms avec intéractions
Vms commercial.

## Support FBIAS (Helpdesk partage image)
Omero File transfer?
Image ?

Pasteur File Transfer

Repo datasets pour les analysts poyur partager les data

Inputs Beta testers

Constitution données test. Privée ou public 
Repo publique pas vraiment besoin.
Partage des données annotées.

Prérequis?
postes et stockage. 
Partage de code?

Code institut privé publique + github? = CV ingénieur

BIII
Rajouter tag FBIAS

## Modalités D'intéraction FBIAS-FBI.data

- Beta test  Omero 
- FBI.compute

Plus GT calcul 
FBI.Data outils sur les verrous technologique.

FBIAS Instance Irods + Omero
Noeuds demandeurs beta tester eptembre.
Canal IPDM mattermost.

Une fois par an une réunion commune présentielle.

Une réunion IPDM en plus.

TRimeout mattermost
Authentification fédéré
Juin ou septembre.

Bordeaux 2025

Arrivée la veille de Strasbourg Alsase (orgabnisation Jerôme)




## White papers

Un papier FBI F.BIAS nationnal
Journal of microscopy 
Nature imaging.
Page web


## Challenges
orientation des challenges.
Chaque année organiser un challenge.
Offrir une nouvelle base de données, 
et faire une comptétion d'algo dessus en proposant un framework d'évaluation.

Premier Light My cells
https://lightmycells.grand-challenge.org/
(resp Dorian Kauffman )
200 participants inscrits juste pour récupérer les données.
12, 13 ont particpés, 7 papiers soumis. Résultat en mai
Choix réalisé par sondage.
Force de frappe = hétéréogénité des data.
FBIAS pas inclu, mais c'était une erreur à corriger car le but était que le résultat utilisable par les biologistes. Résultats pas assez bons.
Usabilité pas top

Dans le 2eme et 3eme challenge : usabilité. multisite = grosse forte.

Premier cadre 2025 (image to image avec evaluation par la segmentation) et 2026 (segmentation)

Stack 2D et inférence de Stack 3D

Pas forcément Deep Learning.
Challenge tracking par exemple?
Microtubule?
Point et intensité? Vesicle detection.
Distribution spatiale? 3D?
Attention à la vérité terrain.
Crowd sourcing?

Données similées.
challenge pour les ingé plateformes , inféren,ce de psf
Detection d'aberration OTF 
Detection et classification d'objet?
Bio du dev et celluyle souche. La 3D.

Faire un cell segmentation avec la jolie et dégradée.
Marquage naze.
Mettre deux marquers et un joli.
Marqueur non spécifique.

OPtrique adapatative alumée ou éteinte ou non.
1h avancer sur les prochzins challenges.

Anne-sophie ok pour participer avec Thierry +Stephane Rigaud. 1h en Juin
Pour fairplay le prochain sujet sera à twitter.
Faire une equipe FBIAS mais pas le temps.
Christian fera le Docker.
STage possible si prévenu avant 






