## GDMA 1. 創DOS/GDMA/nN(cN,aN), DOS/Polar, DOS/VOTCA 2. 進Polar算nN,aN,cN，產生chk檔 ![](https://hackmd.io/_uploads/rJwKhgg_n.png) 3. 將chk檔轉成fchk檔 ```formchk file.chk``` (記得load gaussian 模組) 4. 將產生的fchk檔複製到GDMA/nN(cN,aN) ![](https://hackmd.io/_uploads/S1yBaleO3.png) (記得改data) 5. 算GDMA (GDMA只能用單核心算) ```sbatch -J nN sub_gdma.sh``` ## mapping 1. 創VOTCA/mapping 改pdb2map.xml中的pdb name 2. 將RE的nN.log轉成system.xyz，複製到QC_FILES 3. load VOTCA 4. ```module load app/votca/220116``` ```module load compiler/intel/2022``` 5. 產生**system.xml** ```ctp_tools -o pdb2map.xml -e pdb2map``` 6. 改system.xml中的name和residue三個點 ![](https://hackmd.io/_uploads/BkwvlAPu2.png) 7. 複製cooling_300K的檔案到MD_FILES * cooling_300K.gro(==periodic boundary condition==) -> system.gro * cooling_300K.tpr -> system.tpr * *molecule*.top -> system.top (最後一行是Other) 8. 產生**state.sql** ```ctp_map -t MD_FILES/system.tpr -c MD_FILES/system.gro -s system.xml -f state.sql``` 9. 產生**extract.trajectory** ```ctp_dump -f state.sql -e trajectory2pdb``` ## polarizability 1. 將 Polar/*state*.log 中==SCF Polarizability==資訊存到 GDMA/*state*/polar-*state* 2. 在GDMA/*state* 將eigen value的值貼到molpol.xml ```python eigen.py polar-nN``` 3. 產生**output.mps**、**output.xml** ```ctp_tools -e molpol -o molpol.xml``` ## DOS 1. 從mapping複製state.sql，和system.xml到VOTCA/DOS 2. 創 MP_FILES 資料夾 VOTCA/DOS裡的檔案:![](https://hackmd.io/_uploads/SykTbXOu2.png) 3. 產生jobwriter.mps.chrg.xml、jobwriter.mps.background.tab兩個檔案 ```bash run.sh``` (```ctp_run -v -e jobwriter -o options.xml -f state.sql```) 4. 將GDMA的nN,cN,aN的output.mps檔複製到MP_FILES資料夾下，然後改名成**Other_n.mps**,**Other_h.mps**,**Other_e.mps** 5. 檢查mps檔的帶電、polarizability，有帶電的polarizability會比較大 6. ```sbatch -J bgp sub_bgp.sh``` 7. 算完後的檔案:![](https://hackmd.io/_uploads/rJq674Kd2.png) 8. ```sbatch -J ewald sub.sh``` 9. 檢查有沒有算完9000個分子```grep COMPLETE jobwriter.mps.chrg.xml > STATUS``` **記得要改options.xml和sub.sh** ## Transfer integral ### ZINDO 1. 創VOTCA/TI資料夾 2. 複製izindo.xml、zindo.com 3. module load app/gaussian/g16 4. g16 < zindo.com > zindo.log (路徑不能有逗號) 5. mv fort.7 system.orb 6. 檢查 system.orb，類似下圖 ![](https://hackmd.io/_uploads/rkm-SY0n2.png) 7. 改system.xml 8. bash run.sh (```ctp_run -o izindo.xml -f state.sql -e neighborlist```) ，記得要load votca、gromacs 9. ```ctp_run -o izindo.xml -f state.sql -e izindo -t 1``` 10. ```ctp_dump -f state.sql -e pairs2xml``` ### DFT #### Monomer calculations (edft) 首先，需要根據原子拓撲和軌跡生成hopping sites和neighbor list，並將其寫入state.sql。 然後，並行edft calculator管理確定electronic coupling elements所需的單體性質的計算。 具體而言，它執行的各個步驟是： 1. 先建neighborlist ``` ctp_run -o options.xml -f state.sql -e neighborlist ``` 2. 創建包含要使用DFT計算的分子清單的工作檔案 (run.sh) ``` ctp_parallel -o options.xml -f state.sql -e edft -j write ``` 3. 運行工作檔案中的所有工作(sub_edft.sh) ``` ctp_parallel -o options.xml -f $PWD/state.sql -e edft -j run -t 4 -c 300 -m 300 ``` -t : 一個節點4個job -c : 要指派的工作數量 -m : 要處理的最大工作數 4. 將算完的值填回清單 ``` nohup ctp_parallel -o parse.xml -f state.sql -e edft -j run & ``` :::info 記得grep "COMPLETE"看有沒有全部算完 ::: #### Calculating the transfer integrals (idft) 在單聚體計算成功完成後，可以使用edft calculator對neighbor list中的二聚體進行相應的運行，該calculator管理跳變對的DFT運行並使用DIPRO確定coupling elements。 同樣，需要幾個步驟： 1. 創建包含要使用DFT計算的對清單的工作檔案(run.sh) ``` ctp_parallel -o options.xml -f state.sql -e idft -j write ``` 2. 運行工作檔案中的所有工作 ``` ctp_parallel -o options.xml -f $PWD/state.sql -e idft -j run -t 4 -c 1000 -m 1000 ``` 3. 將算完的值填回清單 ``` nohup ctp_parallel -o parse.xml -f state.sql -e idft -j run & ``` (```/home/link1989/pkg/application/votca/220116/share/votca/ctp/xml/```路徑下有各個options的格式) #### FB-ECDA 算完idft後，OR_FILES資料夾裡要有==AO.txt==、==frag.txt==、==fb-all.py== 要改fb-all.py裡的路徑 以及Na、Nb ![image](https://hackmd.io/_uploads/Sy7d87W_T.png) ![image](https://hackmd.io/_uploads/HJ-FIXWda.png)，165為BSBF的HOMO ## KMC ### prepare 1. 創一個KMC資料夾，裡面包含==idft.jobs==、==options.xml==、==state.sql==、==system.xml==、==Energy_HoleElectron.out==這些檔案 2. 將transfer integral資訊寫入state.sql ```ctp_run -f state.sql -o options.xml -e iimport``` 3. 將transfer integral的資訊從state.sql提取出來，產生extract.integrals.xml ```ctp_dump -f state.sql -e integrals2xml``` 4. 將reorganization energy資訊寫入state.sql ```ctp_run -o options.xml -f state.sql -e einternal``` 5. 將site energy資訊寫入state.sql ```ctp_run -f state.sql -o options.xml -e eimport``` 6. 將reorganization energy的資訊從state.sql提取出來，產生extract.energy.xml ```ctp_dump -f state.sql -e energy2xml``` ```ctp_dump -f state.sql -e pairs2xml``` --- ens_split_estat_eindu_PEWALD.sh、options.xml(改路徑)、XQM_import_data.py TI: idft.jobs、state.sql DOS: jobwriter.mps.chrg.tab、system.xml(改重組能) 1. 產生energy.out、energy_split.out兩個檔案 (檢查3000行) ```nohup bash ens_split_estat_eindu_PEWALD.sh &``` 2. 執行python，會產生Energy_HoleElectron.out (檢查3000行) ```python XQM_import_data.py``` ### run 1. 創資料夾electron、hole，裡面要有==options.xml==、==prepare-KMC.sh==、==sub.sh==、==state.sql==、==fit_mobi.py==，options.xml要改carriertype，prepare-KMC.sh可以改電場 2. ```bash prepare-KMC.sh```產生XYZ資料夾 3. 進XYZ丟job :%s/C2-p/C-p/g :%s//AVAILABLE/g ![image](https://hackmd.io/_uploads/ByWKfkg06.png)