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# System prepended metadata

title: ENCODE eCLIP re-analysis

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# ENCODE eCLIP re-analysis

ENCODEに登録されている全eCLIPデータからそれぞれのRBPの結合モチーフを解析する

## eCLIPのメタデータをENCODE APIから取得
```
# eCLIPデータのメタデータを取得するためのエンドポイント
api_endpoint="https://www.encodeproject.org/metadata/?type=Experiment&assay_title=eCLIP"

# curlを使用してAPIにリクエストを送信してメタデータを取得
curl -s "$api_endpoint" > eclip_metadata.json
```
以下のフィルターでピークコールのbedファイルの情報のみを選択
File format -> bed narrowPeak
File assembly -> GRCh38
Biosample term name -> HepG2 and K562
Biological replicate(s) -> 1,2

#### 結果、重複を除くと272個のbedファイル

## ピークコールbedファイルのダウンロード
メタデータからダウンロードurlを記載したファイルを作る (-> url.txt)
```
改行コード削除
cat url.txt | tr -d '\r' > url_tr.txt

head -n 5 url_tr.txt
https://www.encodeproject.org/files/ENCFF293IZG/@@download/ENCFF293IZG.bed.gz
https://www.encodeproject.org/files/ENCFF341XMP/@@download/ENCFF341XMP.bed.gz
https://www.encodeproject.org/files/ENCFF945NFS/@@download/ENCFF945NFS.bed.gz
https://www.encodeproject.org/files/ENCFF027MEO/@@download/ENCFF027MEO.bed.gz
https://www.encodeproject.org/files/ENCFF950VZO/@@download/ENCFF950VZO.bed.gz
```

遺伝子名(ファイル名)のファイルを作る (-> name.txt)

```
改行コード削除
cat name.txt | tr -d '\r' > name_tr.txt

head -n 5 name_tr.txt 
HepG2_RBM22.bed.gz
HepG2_LIN28B.bed.gz
HepG2_WDR43.bed.gz
HepG2_CDC40.bed.gz
HepG2_SF3A3.bed.gz
```

Download & rename
```
while IFS= read -r url && IFS= read -r name <&3; do wget "$url" -O bed/"$name" ; done <url_tr.txt 3<name_tr.txt
```

ダウンロードしたファイル数の確認
```
ls bed/ | wc -l
271
```
1個ダウンロードできていない
ダウンロードできていないファイルの確認
```
ls bed/ > downloaded.txt
grep -v -F -f downloaded.txt name_tr.txt > failed.txt

cat failed.txt
K562_GNL3.bed.gz

#K562のGNL3のファイルがダウンロードできていないのでマニュアルでダウンロード
wget https://www.encodeproject.org/files/ENCFF048RLZ/@@download/ENCFF048RLZ.bed.gz -o K562_GNL3.bed.gz
```

## homerでモチーフ解析
```
#解凍
gunzip bed/*.bed.gz
# inputファイルの準備
ls bed | sed 's/.bed//g' > input.txt
```

```
mkdir motif
while IFS= read -r i; do findMotifsGenome.pl bed/$i.bed hg38 motif/$i -rna ; done < input.txt
```