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title: 第６回ワークフローミートアップまとめ

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第６回ワークフローミートアップまとめ
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# 主要なできごと

- 大阪と東京をつないで遠隔でミートアップをおこなった。
    - 両サイドから、トークあり
    - 今後
- また、Common Workflow Language(CWL) のテレカンファレンスにも、大阪、東京から参加した。

# 石井

- CWL conformance test に、個別にidをふった
    - [Add id number to conformance test by manabuishii · Pull Request \#731 · common\-workflow\-language/common\-workflow\-language](https://github.com/common-workflow-language/common-workflow-language/pull/731)
- 国内版バイオハッカソンに向けて、いくつかアイデアをだしてみた。
    - CWLの機能(JavaScriptとかExpressionToolなど)ごとに、サポートとしているかのバッジをつけるなど。
    - テレカンの結果、junitのXML出力があるからやってやれないことはないのではないかとのこと。
    - 徳島で。
    - https://hackmd.io/KAxfNZZpQTyFHYiAp429RA

# 落合

- CWLのレポジトリにyacleのバッジのpull-reqを投げた
    - https://github.com/common-workflow-language/common-workflow-language/pull/730
- CWLのレポジトリにあるcwlファイルがうんこなのでpull-req投げた
    - https://github.com/common-workflow-language/common-workflow-language/pull/732
- CWLのテストがschema_salad invalidである問題

# 後藤
- BioRuby
    - https://github.com/bioruby/bioruby/issues/123
        - プルリクエストをmergeしたが、それだけでは解決していないことが判明。引き続きfix作成中。

# 西田
- SYSMOD communityの成果と自ラボのソフトウェアの互換性改善
    - あまりワークフロー感無いがやりたいことはNIIのliterate computingのmodeling版 literate modeling
    - literate modelingの概念はSYSMODコミュニティで共有されている。外国人もその概念を持っている
    - http://rasmodel.org を https://github.com/ecell/ecell4 で扱えるように
        - http://pysb.org と https://github.com/ecell/ecell4 のobject変換の仕組みを作成中
    - https://github.com/KarrLab/kinetic_datanator の資源を https://github.com/ecell/ecell4 で活用できるように
        - こっちはまだ何をするのか具体的になってない
- どっかでcloudを使う


# 丹生

- cwl-inspector を総書き換え中 (in `refactor` ブランチ)
    - 大体完了？
    - テストがまだ不十分
    - 書き換え中に[地雷](https://github.com/common-workflow-language/common-workflow-language/issues/729)を踏み抜く
        - 以前にも同じやつを踏み抜いた気がする
        - schema から HTML を自動生成する部分の問題っぽい

# おおた

- CWL-metrics すげーかきづらいなこれけいたいから
- For testing CWL-metrics, searching appropriate test data from public repository
- Packaged FastQC in CWL to get data summary
- Running download-sra/pfastq-dump/fastqc pipeline to get data quality summary, will compare them to get the best
- see you in Tokushima!!


# 次回以降

８月はきまっている
９月はIIBMPをさけて、東京と大阪