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# System prepended metadata

title: Pitagora Meetup 2019-12

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# Pitagora Meetup 2019-12

### 大田

- [DAT2-CWL](https://github.com/pitagora-network/DAT2-cwl) のワークフローのテストをしています
  - 本番データを使ったテストは実行時間が長いのでつらい
  - `cwltool --cachedir` を使ってなんとか頑張っているが…
  - どうしたものか

### 山中

- サラリーマンとして Pitagora Meetup に参加
- 来年 Meetup でなにをしようか考えていました
    - 初心に戻ってグラフ分析関連 Galaxy ツールを作る
        - networkX のアルゴリズムとか？
    - あと、翻訳のやつはやりたいです
- 来月も参加したいと思います

### 鈴木
[Galaxy Advent Calendar 2019](https://qiita.com/advent-calendar/2019/galaxy)
書きます。

[Galaxy Training! Metagenomics](https://galaxyproject.github.io/training-material/topics/metagenomics/)
を試してみます。

まず、「Material」で行「Antibiotic resistance detection」の列「Galaxy instances」の地球マークをクリックし表示されたリンク
https://nanopore.usegalaxy.eu/
https://usegalaxy.eu/
先のページはいずれも以下のメッセージを出力しました。
502
Backend Unresponsive, please try again

次に、「Galaxy instances」下のコマンドを叩きました。
```
docker run -d -p 8080:80 quay.io/galaxy/metagenomics-training
```

http://localhost:8080 (User 'admin@galaxy.org'; PW: 'admin')

### 松平

- 系統樹の作成プログラムのデバッグをしている

### 新海

- 自分の仕事をしていました
- [ag](https://github.com/ggreer/the_silver_searcher) を知った

### 那須野
- （途中抜けたためほとんど活動できてませんが、）藤澤さんと Docker Compose でのWebサービス運用についてお話。

### 藤澤
- 午後から参加
- 那須野さんとdocker-composeでのサービス運用とデータ更新についてご相談
- MicrobeDB.jp ver.3公開予定のdocker-compose本番サーバ構築でつまずいているところ
  - ruby2.4/rails5.1/node11.xコンテナビルド時のbundle install
- DRA-JGA Convert/Importを並列化／自動化をしたい

### 菅波
- 午後から夕方まで（途中で帰ります。）
- Galaxy Advent Calendar 2019書きに来ました。
  - IIBMP2019（Docker）の発表に毛が生えた内容を書きに来ました。
- Docker-composeについて独学で調べたのでそれについての記事も書きに来ました。（至らない点がありましたらご指摘てください・・）
  - [Docker-composeを使ってみよう](https://qiita.com/petadimensionlab/items/6df222732d275bcd1b55)
  - [Docker-composeで解析（RNAseq)](https://qiita.com/petadimensionlab/items/f623d01f7897522a4e38)

### 池田
- [Galaxy Advent Calendar 2019](https://qiita.com/advent-calendar/2019/galaxy)に記事を追記
    - [Galaxy Release v19.09が出たよ その1](https://qiita.com/percipere/items/8a1c6823e4e3ae793004)

### 松尾（エア）
- 子供に風邪をうつされたので、一人喫茶店で作業をしていた
- 遺伝研環境でSingularity動かしたりしている
- アドベントカレンダー書きます

### 丹生
- PR がマージされたので DAT2-cwl の動作確認
  - 一部のツールの仕様が変わっていたので対応
  - `secondaryFiles` 滅ぼすべし
- Advent Calendar の記事が公開された
    - (12/7) [雑に始めるCWL！をもっと雑に始めたい](https://qiita.com/tm_tn/items/2c789c5b3c28e3eb3c9a)
        - [zatsu-cwl-generator](https://github.com/tom-tan/zatsu-cwl-generator) の話
    - (12/8) [指先一つで立ち上げる CWL ツール・ワークフロー作成環境](https://qiita.com/tm_tn/items/3fafe22e2c4a92a7f597)
        - [CWL 用の VSCode テンプレート](https://github.com/tom-tan/cwl-for-remote-container-template)の話
        - これからは「contribute して欲しかったら `.devcontainer` 提供しろ」くらいは言っても許されると思う
- Catalina にアップデートした影響か、Byobu で new-session などが全く効かなくなった
    - `byobu-enable` してるせいで、複数セッションが開けない & どのターミナルを開いても同じセッションしか表示されないというつらい状況
    - 画面分割もできない…
- DAT2-cwl のテストの待ち時間中に、zatsu-cwl-generator 開発のベースにしている[D言語開発環境用テンプレート](https://github.com/tom-tan/dlang-for-remote-container-template)を修正していた
    - (未コミット) デバッガ+ブレークポイントサポートの追加

### 末竹

- 最近、担当の事務の人にちゃんとしろよって言われているので、鍵を閉めにきた
- 9時5時で大学で修論を書いていた
    - やる気が皆無だから時間を決めて無で作業をしている
